A JESZ 1996-ban jött létre, az első évadát a Pécsi Harmadik Színházban töltötte. 1997 őszén a Pécsi Tudományegyetemen (akkor Janus Pannonius Tudományegyetem) megnyílt a JESZ első önálló játszóhelye, melynek támogatásába és fenntartásába is bekapcsolódott az egyetem.

1999-re a Janus Egyetemi Színház Pécsett fontos és elismert szereplője lett a város színházi életének. Bemutatói sikeresek voltak, eljutott a hazai legjelentősebb fesztiválokra (Alternatív Szemle, Kortárs Drámafesztivál, ifj. Horváth István Nemzetközi Színjátszó Fesztivál, POSZT Off),

2000-ben a JESZ elvesztette játszóhelyét (födémje megrepedt, az épületrész életveszélyessé vált) az egyetemen, és az egyetemi társulat a Pécsi Nemzeti Színházban tartotta az előadásait és a próbáit. 2003-ban aztán az PTE ismét önálló játszóhelyet alakított ki a JESZ számára. 2006-ban a JESZ fennállásának 10. évfordulója alakalmából az egyetem vezetése a társulatnak az Egyetemi kultúráért elnevezésű díjat adományozta. A következő években a Janus Egyetemi Színház egyetemi támogatottsága és beágyazottsága egyre erősödött. A szakmai munka sikeressége pedig számos kritikában, hazai és külföldi díjban mutatkozott meg.

2011 nyarán átadták a Zsolnay Kulturális Negyedet. Az új létesítmény egyetemi negyedébe a PTE Művészeti Kara, a Bölcsészkar két tanszéke és a Janus Egyetemi Színház került. Ezzel a JESZ végleges és professzionális otthonra lelt. A városi tulajdonú egyetemi bérlemény egy 150 négyzetméter alapterületű, 8 méter belmagasságú, körfüggönnyel, hűtés-fűtéssel rendelkező stúdiótér, tágas öltözőkkel mosdókkal, zuhanyzókkal, mellette világosító és hangosító stúdiók, irodák és egy 80 négyzetméteres próbaterem szolgálja a színházat. A beköltözés 2011 augusztusában és szeptemberben megtörtént, így a 2011-12-es (a JESZ számára jubileumi, 15.) évadot a Janus Egyetemi Színház a Zsolnay Kulturális Negyedben vitte végig.

*

A színház kezdettől folytatója kívánt lenni annak a hagyománynak, amely a 60-as, 70-es években a legendás egyetemi színjátszó csoportok legjobbjainak munkásságát jellemezte. És folytatója kívánt lenni annak a pécsi hagyománynak is, amely a 80-as években az egyetemi színjátszást a hivatásos színészek bevonásával ötvözte.

Így a Janus Egyetemi Színház művészi gyakorlatában már 1998-ra kialakult az az alternatív forma, ami a színház működését a mai napig jellemzi: Társulatának magja (20-30 fő szinte az egyetem minden karáról érkező) egyetemistákból áll. A folyamatosan képzésen, tréningeken résztvevő egyetemista csapat, generációkba szerveződik, és 3-4 évenként megújul. Ehhez a közösséghez tartoznak még azok a hivatásos színészek és alkotók (rendezők, tervezők, zenészek), akik rendszeresen részt vesznek a JESZ előadásainak létrehozásában.

A Janus Egyetemi Színház a kezdetetektől fogva több rendezővel dolgozik, és ez lehetővé teszi, hogy a társulat nyitott maradjon, és többfajta színházi nyelven legyen képes megszólalni.

A JESZ a kezdetektől repertoárt játszik. Ma már 40-50 fős nyitott társulatával évente 3-4 bemutatót tart, e mellett befogad előadásokat, így 80-90 alakalommal áll közönség elé. A Janus Egyetemi Színház előadásait évente 3000-5000 néző látja.

Ez a közönség elsősorban az egyetem hallgatóságából verbuválódik, de a színház fontosnak tartja a középiskolás generáció megszólítását, illetve számít a pécsi értelmiség érdeklődésére is.

A színház fesztiválszereplő és fesztiválszervező. Játszott Romániában, Németországban, Litvániában, Szerbiában, Törökországban és Belgiumban öregbítve az Egyetem hírnevét, és 1999-től 9 alkalommal szervezte meg az Egyetemi Színházak Fesztiválját. Ezeken a fesztiválokon bemutatkozott több határon túli magyar együttes, és jelen volt olasz, osztrák, litván, szerb, bolgár, lengyel, szlovák, román, belga egyetemi társulat.

*

A Janus Egyetemi Színházat az Alternatív Színházi Műhely Alapítvány hívta éltre 1996-ban, és pályázati tevékenységével a mai napig segíti a színház működését.

A JESZ az évek során nemcsak működési struktúrájában professzianizálódott, hanem infrastrukturális körülményeiben is. A Pécsi Tudományegyetem felismerve, hogy a színházi működés közösségteremtő ereje fontos tényező lehet az egyetem imázsának kialakításában és a karok közötti integrációban, egyre erőteljesebben támogatta a színház tevékenységét, melynek eredményeképpen mára a JESZ a PTE szerves részévé vált. A Janus Egyetemi Színház az Egyetem stúdiószínházaként működő szervezet lett, és a szenátus által meghatározott költségvetési keretből önálló gazdálkodást folytató egységgé vált.

      A Janus Egyetemi Színház működése, egyetemi beágyazottsága egyedülálló a hazai felsőoktatásban. A színház fontos és elismert szereplője Pécs város művészeti életének, és részese a magyarországi szakmának is. Kapcsolatai kiterjednek az európai egyetemi színházak, a hazai alternatív és kőszínházak és a pécsi művészeti élet köreire.A JESZ 2017. január 22-én Csokonai-díjban részesült.